Chất thải sinh ra quá trình nuôi là yếu tố quan trọng cần được xem xét và xử lý đúng kỹ thuật, đặc biệt là trong nuôi tôm thâm canh. Vì vậy cần một chiến lược quản lý chất thải có hệ thống trong đó bao gồm xử lý, xả bỏ và tái chế nhằm quản lý nuôi tôm bền vững.
       Tác động đến nuôi tôm
       Tăng trưởng và tỷ lệ sống của tôm, chất lượng nước ao nuôi bị ảnh hưởng rất lớn bởi chất thải ao nuôi. Việc hút bỏ bùn thường xuyên từ đáy ao làm giảm các chất dinh dưỡng hữu cơ trong nước, tiếp sau đó tác động đến sự tăng trưởng của thực vật phù du; loại bỏ bùn có tác động quan trọng đến năng suất ao. Trong các ao nuôi tôm thẻ trắng Đại Tây Dương, tỷ lệ sống và sản lượng đã cho thấy rất thấp trong các ao không hút bùn hoặc loại bỏ bùn ở mức độ vừa phải trong suốt thời gian nuôi.

Làm sạch lớp bùn bằng máy bơm nước áp lực cao

       Việc để lại bùn mà không rút bỏ có thể dẫn đến tích tụ bùn trong ao, làm gia tăng nhu cầu ôxy ở trầm tích, tạo điều kiện yếm khí dẫn đến sản sinh khí không mong muốn như hydrogen sulfide (H2S). Khối lượng lớn các chất thải tích tụ trong ao tôm sẽ làm tăng nhu cầu ôxy và gây cạn kiệt ôxy ở đáy ao khiến cho tôm bị căng thẳng và dễ bị nhiễm bệnh. Các loại khí không mong muốn được sinh ra từ chất thải ao có thể ảnh hưởng đến sự thèm ăn của tôm, dẫn đến tăng hệ số chuyển đổi thức ăn và suy giảm chất lượng nước ao nuôi.
       Ảnh hưởng đến môi trường
       Quản lý chất thải ao nuôi tôm được thực hành trong suốt vụ nuôi và giai đoạn sau khi nuôi phản ánh mức độ tác động của chất thải ao đến môi trường. Bùn từ ngành nuôi tôm tác động đến môi trường có thể được phân loại thành ba nhóm: Tác động đến chất lượng nước biển ven bờ và thủy văn; Tác động đến các sinh vật thủy sinh; Tác động đến rừng ngập mặn và thảm thực vật trên cạn.
Xả bỏ chất thải ra thẳng môi trường nước lân cận làm thúc đẩy thực vật phù du tăng trưởng, do đó dẫn đến hiện tượng phú dưỡng của vùng nước. Vì vậy khuyến khích xử lý chất thải ao trước khi xả bỏ ra môi trường.
       Tác động đến các sinh vật thủy sinh
       Chất thải ao nuôi tôm chứa rất nhiều các hạt rắn lơ lửng gây ra độ đục ở nguồn nước tiếp nhận. Các chất rắn lơ lửng từ các ao nuôi tôm thâm canh có lót bạt nhựa đã được báo cáo ở mức cao là 4.200 mg/L. Độ đục trong nước làm giảm sự thâm nhập ánh sáng, do đó làm giảm hoạt động quang hợp và mức ôxy hòa tan gây căng thẳng cho sinh vật thủy sinh đặc biệt sinh vật sống dưới đáy ao.
       Giải pháp
       Sau mỗi vụ nuôi, nhất là nuôi thâm canh và bán thâm canh, lượng bùn rất lớn. Vì vậy, cần loại bỏ hết bùn ra khỏi ao nuôi, làm sạch đáy ao bằng máy bơm nước áp lực cao, để làm sạch lớp bùn, đồng thời tạo điều kiện cho việc ôxy hóa và giải phóng khí độc tích tụ dưới đáy ao. Với những ao nuôi đáy nhiễm phèn, sau khi dọn sạch bùn đáy cần ngâm nước rửa phèn, sau đó tháo cạn.
       Với ao mới xây dựng, cần phải rửa ao nhiều lần, gia cố bờ chắc chắn. Ở giữa ao bố trí một vị trí lõm để gom bùn đáy, tiện xi phông trong quá trình nuôi. Bố trí hệ thống quạt nước sao cho dòng chảy trong ao đảm bảo chất thải gom tụ giữa ao và tạo được tỷ lệ diện tích đáy ao sạch cao nhất.
       Chọn loại thức ăn chất lượng tốt, độ tan rã trong nước ít và sử dụng hợp lý, tránh thừa thức ăn. Từ tháng thứ hai trở đi, lượng bùn đáy chất thải trong ao bắt đầu tăng nhanh do lượng thức ăn tăng. Giai đoạn này, quản lý chất thải bùn đáy chính là quản lý tốt thức ăn và chất lượng nước. Đồng thời, cần tăng cường hàm lượng ôxy hòa tan bằng hệ thống quạt nước hoặc sục khí để giảm tác hại của bùn đáy.
       Việc sử dụng máy quạt nước để gom tụ chất thải, dùng các loại vôi, khoáng chất, tránh khuấy động vùng gom tụ chất thải sẽ là một giải pháp tương đối an toàn, vừa tạo ra vùng sạch cho tôm hoạt động vừa tránh sự phát tán chất lơ lửng trở lại nước ao trong thời gian nuôi.
       Sự tích tụ chất thải lớn trong ao nuôi tôm thường xảy ra ở các tháng nuôi thứ ba, thứ tư. Một trong những biện pháp giảm bùn đáy trong ao nuôi tôm là áp dụng biện pháp thay nước đáy hoặc dùng hệ thống thoát nước trung tâm, cũng có thể áp dụng biện pháp dùng hệ thống máy hút bùn ra khỏi ao nuôi. Hút bùn ra khỏi ao nuôi mang lại hiệu quả cao nhưng cũng có thể gây nguy hại cho tôm, nếu người nuôi không thực hiện đúng kỹ thuật. Tiến hành hút bùn vào buổi sáng hằng ngày và mỗi đợt không nên quá 7 ngày.