I. BỐI CẢNH
1. Thế giới
Cua biển hay cua bùn (Mud crab) cung cấp một nguồn thực phẩm quan trọng cũng như thu nhập cho người dân ở nhiều khu vực ven biển trên thế giới (Shelley and Lovatelli, 2011). Mặc dù đã được người dân tiến hành sản xuất trước đây nhiều năm, tuy nhiên ngành nhân nuôi cua biển những năm gần đây ngày càng được mở rộng đặc biệt tại các nước Đông Nam châu Á do tính thích nghi cao, chống chịu bệnh tốt của con cua biển so với tôm, một loại thủy hải sản rất quan trọng tại khu vực này trước đây cũng như hiện tại (Christensen et al., 2004; Petersen et al., 2013). Do đó, bên cạnh nguồn đánh bắt từ tự nhiên, sản lượng nhân nuôi cua ngày càng tăng lên và trở thành nguồn thu nhập chính của nhiều hộ gia đình bên cạnh các loại thủy hải sản khác (Shelley and Lovatelli, 2011). Điều này cũng được chính quyền nhiều địa phương khuyến khích, phù hợp với chiến lược đa dạng hóa ngành nhân nuôi thủy sản, yếu tố rất quan trọng trong phát triển nông nghiệp bền vững. Theo thống kê tại một số quốc gia Đông Nam Á, sản lượng nhân nuôi cua đã vượt qua sản lượng đánh bắt vào năm 2012. Năm 2017 Việt Nam thể hiện là một nhà sản xuất cua biển hàng đầu với sản lượng 65.463 tấn, vượt qua các nước có thế mạnh khác về nhân nuôi là Indonesia và Philippin (yxtung, 2020).
Theo đánh giá phân loại, chi cua bùn (Scylla spp.) hiện có 4 loài chính bao gồm S. serrata (cua bùn khổng lồ), S. Paramamosain (cua xanh) và S. Olivacea (cua lửa) và S. Tranquebarica, có đóng góp lớn vào giá trị thương mại cả về nhân nuôi và đánh bắt (Keenan et al., 1998; Shelley and Lovatelli, 2011). Trong 4 loài, cua bùn khổng lồ S. serrata có sự phân bố rộng nhất, từ Ấn Độ Dương đến Thái Bình Dương, từ Châu Phi đến Châu Á. Trong khi, tại bán đảo Đông Dương, phổ biến nhất là cua lửa - S. Olivacea và cua xanh - S. Paramamosain. Theo khảo sát tại Việt Nam, cua xanh S. Paramamosain phổ biến hơn trong đánh bắt tự nhiên và cũng là loài được ưa chuộng trong chọn tạo giống cung cấp cho công tác nhân nuôi với hơn 90% (khảo sát với 3000 mẫu) (Christensen et al., 2004; Keenan and Blackshaw, 1999; Macintosh et al., 2002; Quinitio, 2009). Không chỉ về đặc điểm phân bố, tập tính và đặc điểm hình thái của 4 loài cua biển Scylla spp. cũng có sự phân biệt (Keenan et al., 1998; Shelley and Lovatelli, 2011).
Cua xanh (Scylla paramamosain) là loài được nuôi phổ biến tại Việt Nam
Tuy đã có lịch sử hàng trăm năm trên thế giới, ngành nuôi cua biển phần lớn phụ thuộc vào việc đánh bắt con giống trong tự nhiên. Theo đó, các ngư dân đánh bắt con non hoặc cua mẹ mang trứng tại môi trường sống ven biển của chúng và bán lại cho các thương lái hoặc nhà nhân giống. Cua giống sau đó được bán cho nông dân và nuôi đến giai đoạn thương phẩm hoặc có sự chuyển nhượng giữa các nhà nuôi trong trong quá trình đó tùy theo sự phát triển của lứa cua (Christensen et al., 2004). Trong vài thập kỷ gần đây, việc ương tạo giống cua mới có sự phát triển, phần lớn tại các quốc gia sản xuất cua chính trong khu vực Châu Á Thái Bình Dương đã tạo động lực mới cho ngành thủy sản này (Shelley and Lovatelli, 2011).
Sự suy giảm đa dạng sinh học, cùng với suy giảm số lượng cá thể trong quần thể cua tự nhiên do khai thác quá mức hoặc do các yếu tố bất lợi của môi trường có thể dẫn đến hiện tượng cổ chai di truyền (genetic bottleneck) (Osborne et al., 2016). Hệ quả của hiện tượng này là làm tăng khả năng giao phối cận huyết và tỷ lệ di truyền đồng hợp, cũng như có thể dẫn đến thoái hóa giống (Charlesworth, 2003; Lynch et al., 1995). Mặt khác, việc giao phối cận huyết cũng có thể dẫn đến suy giảm đa dạng di truyền. Thoái hóa giống là một hiện tượng di truyền không mong muốn khi con lai bộc lộ các tính trạng kém hơn, so với bố mẹ có quan hệ gần về mặt di truyền, dẫn đến tăng xác suất ghép đôi của các alen mang kiểu hình lặn có hại. Quá trình này bị đẩy nhanh khi nhu cầu giống tăng cao và các chủ trại sẽ tăng cường lai mà không kiểm soát chất lượng con giống bố mẹ, thậm chí cho lai giữa các các thể cùng lứa đẻ (Kincaid, 1983; Leroy, 2011; Parra-Bracamonte et al., 2011; Vega-Trejo et al., 2015).
2. Trong nước
Việt Nam là một quốc gia ven biển, có đường bờ biển dài và khí hậu nhiệt đới tự nhiên vô cùng thuận lợi cho ngành thủy sản. Bên cạnh những sản vật phong phú khác, con cua biển là một sản vật mà thiên nhiên ban tặng cho các khu vực ngập mặn ven biển. Theo thống kê của chính phủ vào năm 2004 ước tính có khoảng 12.000 héc ta nuôi cua ở Việt Nam với sản lượng khoảng 10.000 tấn. Theo thống kê không chính thức khác, năm 2017 sản lượng cua nuôi tại Việt Nam vào khoảng 64.463 tấn vượt xa các quốc gia xếp sau là Indonesia và Philippin (yxtung, 2020). Nói đến cua biển là phải nhắc ngay đến cua Cà Mau với danh tiếng vượt trội so với cua từ các tỉnh thành khác. Chất lượng cua Cà Mau có thể đến từ đặc điểm thổ nhưỡng và môi trường đặc biệt phù hợp ở Cà Mau hoặc có thể do nguồn gen đặc hữu của cua Cà Mau. Giá trị của con cua Cà Mau đối với tỉnh tăng cao khi nghề nuôi cua được nhân rộng và góp phần vào chuyển đổi kinh tế ở địa phương. Nhiều trại giống đã đã được thành lập, nhân nuôi thành công và đẩy mạnh quá trình này. Con cua cũng được xác định là một trong 5 mặt hàng chủ lực của địa phương, có đóng góp lớn cho kinh tế của tỉnh. Trước đây, theo báo cáo của Lindner, năm 2005, tỉnh Cà Mau có 65.000 ha diện tích nuôi cua (Lindner, 2005). Năm 2019, theo thống kê của sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Cà Mau, diện tích nuôi cua trong tỉnh đã tăng lên khoảng 150.000 hecta với năng suất trung bình 40 - 50 kg/hecta một năm theo hình thức quảng canh cải tiến, nuôi kết hợp với các loại thủy sản khác hoặc dưới tán rừng. Trong các năm tiếp theo, dự kiến diện tích nuôi vẫn ổn định nhưng tăng năng suất bằng các biện pháp cải tiến quy trình nuôi (theo https://thuysanvietnam.com.vn/). Tuy nhiên, trong những năm gần đây, có xảy ra hiện tượng cua chết hàng loạt tại một số khu vực nuôi cua trọng điểm như Năm Căn, Ngọc Hiển, Phú Tân, Đầm Dơi, ảnh hưởng rất lớn đến sinh kế của người dân cũng như kế hoạch phát triển ngành cua của tỉnh (thông tin từ trang web của sở Nông nghiệp và phát triển Nông thôn Cà Mau). Mặc dù theo điều tra của các cơ quan trong và ngoài tỉnh, giáp xác chân tơ Sacculina sp. ký sinh là nguyên nhân chính gây hiện tượng này. Tuy nhiên, loài giáp xác ký sinh này có sự phân bố rộng khắp và được ghi nhận chỉ gây hiện tượng ngừng sinh trưởng và vô sinh ở vật chủ (Thresher et al., 2000). Do đó, hiện tượng chết đột ngột bất thường của cua nuôi cũng được dự đoán là có liên quan đến sức chống chịu của con giống.
Trong quy trình làm giống hiện nay, các chủ trại khai thác, tuyển lựa những cá thể có ngoại hình và đặc điểm tốt trong tự nhiên để làm cua bố mẹ và cho sinh sản hàng loạt. Tuy nhiên quá trình này về lâu dài có khả năng làm tăng tính di truyền cận huyết trong quần thể cua nuôi làm cho các thể hệ kế cận suy giảm đa dạng di truyền. Theo các nghiên cứu về di truyền quần thể, nếu mức độ đa dạng di truyền suy giảm sẽ dẫn đến mất tiềm năng ưu thế lai, suy giảm năng suất, tăng tỉ lệ đồng hợp tử trong quần thể, bộc lộ các tính trạng lặn và do đó tăng tỷ lệ nhiễm bệnh. Mặt khác, tình trạng khai thác con giống quá mức mà không có biện pháp bảo tồn hiệu quả sẽ dẫn tới mất cân bằng và có thể dẫn đến suy kiệt quần thể cua Cà Mau trong tự nhiên. Thêm nữa, biến đổi khí hậu làm thay đổi môi trường sống tối ưu sẽ góp phần đẩy nhanh quá trình này.
Bên cạnh việc thu bắt những các thể trong tự nhiên vào khâu sản xuất con giống, các trung tâm giống cũng sử dụng cua mẹ mang trứng trong các ao đầm của người nuôi cua trên địa bàn để nuôi đẻ cua con. Do lứa cua trong ao đầm nuôi có khả năng cao là cua từ một lứa đẻ tại một cơ sở giống nhất định. Do đó cua mẹ mang trứng có thể là sản phẩm của quá trình lai cận huyết. Từ đó cho thấy, việc lai giống cua hiện tại không có sự quan tâm đúng mức đến di truyền cua, dẫn đến nguy cơ thoái hóa giống, có thể ảnh hưởng nghiêm trọng đến ngành thủy sản này không chỉ ở địa phương mà còn đến các địa phương khác có hoạt động thu mua con giống từ Cà Mau.
Một ví dụ điển hình của việc lai giống mà không kiểm soát di truyền đã dẫn đến thiệt hại nặng nề cho ngành thủy sản là trường hợp về công tác quản lý sản xuất giống cá da trơn trước đây tại Việt Nam (Vu et al., 2020). Đặc biệt khi nhu cầu con giống tăng, người sản xuất giống đã sử dụng thuốc để kích thích cá sinh sản quá nhiều lần. Hậu quả là sự giảm sút về chất lượng cá giống. Cá con có tỷ lệ sống thấp với tỷ lệ hao hụt sau khi thả cá có thể lên tới 40%. Thêm nữa tốc độ sinh trưởng của cá chậm, kéo dài thời gian nuôi, tăng chi phí cho lượng thức ăn để đạt kích cỡ tiêu chuẩn xuất bán, chưa kể lượng thức ăn đã hao tốn cho lượng cá hao hụt do chết. Những bất lợi do công tác giống không đảm bảo này góp phần tăng chi phí sản xuất cho người nuôi.
Là một quốc gia hàng đầu về sản lượng cua biển hiện nay, tuy nhiên theo khảo sát, hiện có rất ít các công trình nghiên cứu về cua của các tác giả tại Việt Nam, và hoàn toàn không có công trình nào về di truyền cua Việt Nam. Điểm qua một vài công bố về cua tại Việt Nam, nội dung chủ yếu phản ánh giá trị kinh tế và tối ưu phương pháp nuôi (Christensen et al., 2004; Petersen et al., 2013). Do đó có thể thấy khoa học di truyền trong công tác giống hiện nay chưa được quan tâm đúng mức. Theo công bố gần đây của Tổ chức Nông Lương Thế giới (FAO) về ngành nuôi cua, đặc biệt là tại các quốc gia Đông Nam Á, tăng cường sự hiểu biết về di truyền cua nên được xem là nhân tố chính trong việc tối ưu chất lượng giống. Mặt khác, điều này cũng tạo ra một nền tảng vững chắc trong việc bảo tồn quần thể cua tự nhiên và sẽ có một ý nghĩa cực kỳ lớn cho các chương trình lai giống trong tương lai, đặc biệt là đối với các loài cua bản địa với nguồn gen đặc hữu (Shelley and Lovatelli, 2011). Do đó, khảo sát tiềm năng giống thông qua đa dạng di truyền bằng các phương pháp hiện đại trên thế giới không chỉ đánh giá tiềm năng giống, góp phần xây dựng thương hiệu cua Cà Mau bền vững trong sinh thái, có ý nghĩa trong thương mại, tiêu thụ quốc tế mà còn có ý nghĩa lớn trong việc xây dựng các chiến lược bảo tồn và phát triển giống cua Cà Mau trong các giai đoạn tiếp theo, khẳng định vị thế của tỉnh trong nghề nuôi cua so với các địa phương khác. Về ngắn hạn, các nghiên cứu về di truyền quần thể cua có thể tạo ra một quy trình can thiệp trong sản xuất giống, góp phần cải thiện và duy trì tính đa dạng di truyền của quần thể cua Cà Mau.
II. KHU VỰC PHÂN BỐ CỦA BỐN LOÀI SCYLLA
Theo tổng hợp của Hilke Alberts-Hubatsch và cộng sự, 2016 (Alberts - Hubatsch et al., 2016), S. searrata (Cua khổng lồ) là loài phân bố rộng nhất trong chi Scylla. Vị trí phân bố trải rộng khắp vùng Ấn Độ Dương - Tây Thái Bình Dương (Indo - West - Pacific) bao gồm khu vực Nam Phi (Davis et al., 2004; Du Plessis, 1971; Hill, 1979, 1975; Macnae, 1969; Robertson and Kruger, 1994), Mocambique (Barnes et al., 2002; Paula et al., 2001), Madagascar (Davis et al., 2004; Le Reste et al., 1976), Tanzania (Barnes et al., 2002; Fratini and Vannini, 2002), Kenya (Dorcus Onyango, 2002; Fratini and Vannini, 2002; Mirera and Mtile, 2009), Somalia (Vannini and Innocenti, 2000), Yemen (Simões et al., 2001); Một số khu vực tại Châu Á như Pakistan (Saifullah, 2005), Ấn Độ (Mohanty et al., 2006; Srinivasagam et al., 2000; Zafar et al., 2006), Sri Lanka (Anas et al., 2010), Trung Quốc (Fang et al., 2008; Mohanty et al., 2006), Nhật Bản (Ogawa et al., 2011, 2011), Philippines (Juliette, 2010; Lebata et al., 2007; Walton et al., 2006), một số khu vực tại Thái Lan (Klinbunga et al., 2000), Malaysia (Kosuge, 2001), Indonesia (Sugama and Hutapea, 1999); và Châu Úc (Bonine et al., 2008; Butcher et al., 2003; Ewel, 2008; Gopurenko et al., 1999; Ruscoe et al., 2004; Taylor, 1984; Williams and Hill, 1982). Các loài cua khác trong chi Scylla tập trung các khu vực ven biển phía nam biển Trung Quốc và biển Java đối lập với cua khổng lồ (S. serrata) (Ewel, 2008; Keenan et al., 1998; Koolkalya et al., 2006; Kosuge, 2001; Lebata et al., 2007; Lin et al., 2007; Overton, 2000; Sugama and Hutapea, 1999; Taylor, 1984; Walton et al., 2006). Phân bố các loài cua thuộc chi Scylla được mô tả trong Hình 1.A (theo báo cáo của Hilke Alberts-Hubatsch và cộng sự (Alberts-Hubatsch et al., 2016)). Theo quan sát này, nhóm nghiên cứu đặt ra giả thiết về mối liên hệ giữa sự phân bố quần thể các loài cua có liên quan đến sự phân bố các dòng hải lưu của các vùng biển. Thật vậy, khu vực phân bố của S. searrata được nhận thấy tập trung tại các khu vực tiếp giáp của các dòng hải lưu "N Equatorial', "S Equatorial', "West Australia" tại biển Đại Tây Dương. Trong khi đó, các loài còn lại chủ yếu tập trung xung quanh vùng lục địa bao quanh dòng hải lưu tại vùng biển Đông (Việt Nam) và vùng biển Java. Quan sát này gợi ý việc di cư của các quần thể cua có sự phụ thuộc rất lớn vào các dòng hải lưu và vùng thềm lục địa tiếp giáp với các dòng hải lưu này (Hình 1B)
Tại Việt Nam, theo báo cáo của hai nhóm tác giả Macintosh (Macintosh et al., 2002), và Le Vay (Le Vay et al., 2001), chỉ ghi nhận 2 loài thuộc chi Scylla bao gồm S. olivacea và S. Paramamosain. Tuy nhiên, với giả thiết vừa nên trên, chúng tôi dự đoán có sự tồn tại của số lượng nhỏ S. tranquebarica di chuyển theo dòng hải lưu từ Philippin đến vùng Mũi Cà Mau (Việt Nam). Hỗ trợ cho nhận định này, dữ liệu sơ bộ trong nghiên cứu gần nhất của Nhóm nghiên cứu cho thấy một số cá thể cua có kiểu hình tương đồng với cua sen - S. tranquebarica (Dữ liệu từ nghiên cứu bảo tồn nguồn gen quần thể cua Cà Mau - nghiên cứu chưa công bố). Khảo sát này cho thấy rằng Việt Nam là một trong những quốc gia có sự đa dạng về quần thể các loài cua bên cạnh các khu vực như Sematan mangroves, Sarawak (Malaysia) (Ikhwanuddin et al., 2011), East Java, Lombok, South Sulawesi (Indonesia) (Sugama and Hutapea, 1999), Singapore (Keenan et al., 1998), đảo Hải Nam (Trung Quốc) (Lin et al., 2007). Kết quả này cũng nêu lên tầm quan trọng trong công tác bảo tồn cũng như các công tác giám nguồn giống cua tại các khu vực ven biển Việt Nam.
Hình 1. (A) Phân bố của 4 loài cua thuộc chi Scylla theo Hilke Alberts - Hubatsch và cs. (Alberts - Hubatsch et al., 2016); (B) Biểu đồ dòng hải lưu trong khu vực phân bố các loài cua thuộc chi Scylla.
III. ỨNG DỤNG PHÂN TÍCH DI TRUYỀN QUẦN THỂ TRONG KHẢO SÁT VÀ BẢO TỒN NGUỒN GEN CUA BIỂN
1. Ứng dụng phân tích di truyền quần thể trong giám sát đa dạng sinh học quần thể cua
- COI (cytochrome oxidase subunit I)
Hiện nay, DNA ty thể (mtDNA) - một vật liệu di truyền ngoài nhân, được sử dụng rộng rãi để xác định loài, đa dạng di truyền quần thể và phân biệt di truyền (Herrera et al., 2015). Trong đó, vùng gen COI (cytochrome oxidase subunit I) của ty thể là một trong các dấu ấn phân tử được sử dụng phổ biến nhất trong nghiên đa dạng sinh học với tỷ lệ đột biến di truyền thấp, độ bảo tồn cao giữa các cá thể trong cùng quần thể (Eamsobhana et al., 2018; Hebert et al., 2003; Seri Masran and Ab Majid, 2017; Zhao et al., 2013).
Như đã đề cập, với nhu cầu cao về con giống, hiện tại đã có sự khai thác quá mức cua giống trong tự nhiên, đặc biệt là cua non và cua mẹ mang trứng. Điều này đã góp phần làm giảm mức độ đa dạng di truyền và có thể suy kiệt quần thể cua trong tự nhiên. Rumisha và cộng sự trong một công bố vào năm 2017 (Rumisha et al., 2017), đã khảo sát sự đa dạng di truyền của quần thể cua bùn khổng lồ Scylla serrata tại một số quốc gia thuộc Đông Phi bằng phương pháp giải trình tự gen cytochrome oxidase subunit I (COI) trên 230 mẫu cua thu thập tại Kenya, Tanzania, Mozambique, Madagascar, và Nam Phi. Dữ liệu thu được cho thấy sự suy giảm về mặt đa dạng di truyền so với trước đó. Nghiên cứu cũng đã chỉ ra sự khai thác quá mức nguồn cua trong tự nhiên có thể là nguyên nhân chính trong việc suy giảm đa dạng sinh học. Nghiên cứu cũng đã cung cấp những thông tin hữu ích cho một chiến lược hợp tác đa quốc gia trong công tác bảo tồn đa dạng sinh học cua.
Trong một nghiên cứu khác, được thực hiện trên 599 cá thể cua xanh (S. paramamosain) được thu thập từ 20 quần thể, bao gồm 18 quần thể hoang dã và 2 quần thể nuôi từ 5 tỉnh dọc theo bờ biển phía đông nam Trung Quốc (Wang et al., 2020). Nghiên cứu cho thấy 301 cá thể cua xanh (chiếm 50.3%) sở hữu chung một kiểu đơn bội (Haplotype). Hơn nữa, kết quả phân tích cho thấy chỉ có 0.32% biến thể di truyền cho thấy sự khác biệt giữa các quần thể cua này. Cũng theo nghiên cứu này, Wang và cộng sự chỉ ra rằng, mặc dù mức độ đa dạng di truyền của quần thể nghiên cứu vẫn được bảo đảm ở mức cao, tuy nhiên sự khác biệt giữa các quần thể còn thấp. Các dữ liệu khác cũng nhấn mạnh tầm quan trọng của việc quản lý, khai thác bền vững và nhân giống chọn lọc loài cua thương mại. Hơn nữa, cần theo dõi thường xuyên sự đa dạng di truyền của cua xanh - P. paramamosain vì số liệu này có thể bị thay đổi sau một thời gian nhất định cũng như cần mở rộng phạm vi nghiên cứu kết hợp sử dụng nhiều dấu phân tử trong các nghiên cứu trong tương lai là rất cần thiết.
Nhận thấy có thể ứng dụng các phương pháp nghiên cứu tiên tiến trên thế giới đối với cua biển vào nghiên cứu đa dạng di truyền cua Cà Mau. Bằng cách ứng dụng kỹ thuật giải trình tự DNA gen cytochrome oxidase subunit I (COI) trên ty thể, nhóm nghiên cứu đã thực hiện một nghiên cứu trên 105 cá thể cua tự nhiên thu thập tại các huyện thuộc tỉnh Cà Mau (Năm Căn, Đầm Dơi, Ngọc Hiển). Tại Đầm Dơi, dữ liệu cho thấy sự hiện diện của 4 kiểu đơn bội, trong đó 1 kiểu đơn bội chiếm ưu thế với 50% quần thể. Tại Năm Căn, cũng chỉ ghi nhận được 3 kiểu đơn bội với 75% cá thể sở hữu cùng một kiểu đơn bội. Tại Ngọc Hiển, mặc dù dữ liệu ghi nhận được 14 kiểu đơn bội, tuy nhiên, nhóm nghiên cứu cũng nhận thấy số lượng lớn các cá thể cua có cùng một kiểu đơn bội. Điều này cho thấy sự sụt giảm về đa dạng sinh học của quần thể cua tại các huyện này thông qua kết quả nghiên cứu sơ bộ này. Dữ liệu này cho thấy sự tương đồng với cái nghiên cứu khác được đề cập (Rumisha et al., 2017; Wang et al., 2020), cho thấy tầm quan trọng của các công tác giám sát và bảo tồn nguồn gen cua biển. Cũng theo nghiên cứu này, chúng tôi xác định được các cá thể cua sen - S. Tranquebarica loài chưa được ghi nhận tại Việt Nam trước đây (Việc xác định kiểu hình cua sen được thực hiện bởi chuyên viên thủy sản tại địa phương). Điều này tương đối chính xác theo giả thiết về sự di chuyển của các quần thể cua theo dòng hải lưu được nhóm nghiên cứu đặt ra. Qua đó, các cá thể cua sen có khả năng trôi dạt từ vùng biển tiếp giáp khu vực Philipin vào Cà Mau (Việt Nam) (Hình 1 A, B).
Đáng chú ý, trong nghiên cứu này, qua phân tích trình tự gen COI, nhóm nghiên cứu nhận thấy sự tương đồng giữa các cá thể cua sen (S. Tranquebarica) và cua xanh (S. paramamosain). Điều này gợi ý cho nhóm nghiên cứu đặt ra giả thiết về sự bắt cặp giao phối giữa các cá thể cua sen và cua xanh trong tự nhiên. Khi đó, cá thể cua xanh (cái) bắt cặp với cá thể cua sen (đực) tạo ra con lai có kiểu hình cua sen (do DNA trong nhân quy định) và trình tự COI giống với cua xanh (di truyền dòng mẹ ngoài nhân). Trên thực tế, việc lai giống khác loài ở cua biển hiếm khi xảy ra trong điều kiện tự nhiên. Tuy nhiên, việc lai tạo giữa các cá thể khác loài được thực hiện chủ động nhằm mục đích tạo ra cua con với tốc độ tăng trưởng nhanh và tỷ lệ sống cao về mặt chất lượng để tạo ra hình dạng và thể trọng tốt. Vào năm 2020, nghiên cứu được thực hiện bởi Gunarto và cộng sự (Gun et al., 2020) hướng tới việc tạo ra các con lai khác loài thuộc chi Scylla. Các cặp lai bao gồm: 1. S. paramamosain (đực) x S. tranquebarica (cái); 2. S. tranquebarica (đực) x S. paramamosain (cái); 3. S. tranquebarica (đực) x S. paramamosain (cái), S. olivacea (cái), S. tranquebarica (cái) 4. S. paramamosain (đực) x S. tranquebarica (cái), S. olivacea (cái), S. paramamosain (cái). Kết quả cho thấy tỷ lệ nở cao, đáng chú ý, tỷ lệ phát triển thành cua con (crablets) cao hơn nhiều so với việc lai tạo giữa các cá thể cua cùng loài. Nghiên cứu này, tạo nền tảng trong việc phát triển các chương trình lai tạo nhằm tăng giá trị cho cua thương phẩm trong tương lai. Một nghiên cứu khác cũng cho thấy tiềm năng lại tạo giữa các loài cua trong chi Scylla (Fazhan et al., 2017)
- STR (Short tandem repeats)
Bên cạnh phân tích trình tự COI, phương pháp phân tích STR (Short tandem repeats) cũng được sử dụng phổ biến và áp dụng rộng rãi trong chọn giống trên cả động thực vật (Teneva et al., 2018, 2013; Vieira et al., 2016). STR (Short tandem repeats) là một chỉ thị phân tử có tính đa hình cao phân bố rộng khắp trong hệ gen (genome) của sinh vật. Sinh vật càng có quan hệ di truyền xa nhau, thì càng có sự khác nhau mạnh mẽ khi so sánh bộ chỉ thị STR và ngược lại.
Năm 2012, Hongyu Ma và cộng sự (H et al., 2012) thực hiện một nghiên cứu trên 397 cá thể cua xanh thu thập từ 11 địa điểm ở bờ biển phía đông nam Trung Quốc, hướng tới phân tích sự đa dạng về di truyền và sự khác biệt của quần thể này bằng cách sử dụng 9 vị trí STR. Dữ liệu từ nghiên cứu cho thấy mức độ đa dạng di truyền cao với số lượng alen tại mỗi địa điểm dao động từ 7.8-9.6. Tuy nhiên, phân tích cho thấy mức độ khác biệt di truyền thấp giữa 11 địa điểm. Điều này tương đồng với kết quả phân tích trình tự COI qua nghiên cứu của cùng nhóm tác giả (Wang et al., 2020).
Do hầu hết các động thực vật đều mang hệ gen lưỡng bội nên việc kiểm tra STR có thể cho thấy tiềm năng ưu thế lai của các thể đó. Trên cơ sở này, H.Y. Ma và cộng sự đã công bố bản đồ "ánh xạ liên kết" đầu tiên trên cua xanh (S. paramamosain). Dữ liệu này cung cấp 212 chỉ thị phân tử bao gồm 60 chỉ thị vi vệ tinh (microsatellite) và 152 chỉ thị AFLP (amplified fragment length polymorphism) (Ma et al., 2016). Một dữ liệu khác của cùng nhóm nghiên cứu cho thấy sự khác biệt giữa dữ liệu di truyền của các chị thị nãy và 11 khu vực phân bố của cua xanh tại Trung Quốc. Thêm nữa, Hongyu Ma và cộng sự cũng công bố 3 chỉ thị phân tử có liên quan đến 12 tính trạng sinh trưởng của cua xanh. Thông tin từ các nghiên cứu này cung cấp những hiểu biết mới về sinh học bộ gen cũng như hỗ trợ phát triển các chương trình chọn giống sử dụng chỉ thị phân tử.
2. Ứng dụng phân tích di truyền quần thể trong chọn giống nhờ chỉ thị phân tử - MAS (marker - assisted selection)
Thoái hóa giống là một hiện tượng phổ biến trong công tác giống vật nuôi gây thiệt hại lớn trong sản xuất nông nghiệp (Croquet et al., 2006; Kasarda and Kadlečík, 2007; Leroy, 2011). Để khắc phục các nhà chọn giống thực hiện chiến lược tăng cường ưu thế lai khi chọn con giống bố mẹ được xác định có sự khác biệt nhau về mặt di truyền. Ưu thế lai là một hiện tượng mà con lai khác thứ hoặc khác dòng, bộc lộ các phẩm chất vượt trội, ưu tú hơn so với bố mẹ như về sinh trưởng, chống chịu bệnh tật, năng suất, thích nghi và sinh sản, ... (Kaeppler, 2012).
Cơ chế của ưu thế lai hiện nay vẫn chưa được giải thích một cách tường tận, tuy nhiên tổ hợp gen ở con lai sẽ được tăng tính dị hợp và khắc phục được sự bộc lộ của các allele lặn có hại. Mặt khác, sự biểu hiện gen ở thể dị hợp có thể cân bằng hơn, tối ưu hơn về mặt tổng thể cho sự phát triển của cá thể mang gen so với thể đồng hợp alen trội. Thêm nữa, các nghiên cứu về di truyền miễn dịch cho thấy tổ hợp gen dị hợp ở động vật có thể nhận biết mầm bệnh và kích hoạt các phản ứng phòng vệ tốt hơn và mang lại khả năng kháng bệnh tốt hơn cho cá thể mang gen (Bernatchez and Landry, 2003; Kaeppler, 2012). Đã có rất nhiều bằng chứng về tăng cường ưu thế lai liên quan đến việc cải thiện các tính trạng năng suất và chống chịu bệnh trên động vật bao gồm trên bò (Bunning et al., 2019), và heo (Cassady et al., 2002; Iversen et al., 2019; Sørensen et al., 2008) .
Một số nghiên cứu đã ứng dụng việc xét nghiệm bộ STR để ghép đôi cặp bố mẹ thích hợp để tạo ra thế hệ kế tiếp với tính dị hợp cũng như tiềm năng ưu thế lai được tối ưu. Mới vừa đây, vào tháng 9/2021, nghiên cứu được thực hiện bởi Havrlentová và cộng sự đã tầm soát trên 20 vùng STR trên tập giống gồm 85 mẫu yến mạch (Avena sativa L.) đã đo lường được sự đa dạng di truyền và đề xuất ghép đôi 7 nhóm có tiềm năng về ưu thế lai (Havrlentová et al., 2021).
Đặc biệt hơn, trước tình hình việc nuôi ghẹ biển (swimming crab - Portunus trituberculatus) đối mặt với rất nhiều khó khăn về chất lượng nguồn giống khi tốc độ sinh trưởng chậm, chất lượng thịt giảm, tính kháng bệnh yếu, Gao và cộng sự đã tầm soát 8 vùng STR trên 3 quần thể ghẹ khác nhau tại Trung Quốc và cho lai. Kết quả trình bày bởi nhóm nghiên cứu cho thấy thế hệ F1 có sự cải thiện về ưu thế lai trên nhiều kiểu hình quan trọng có ý nghĩa kinh tế như tỉ lệ sống và tốc độ tăng trưởng
(Gao et al., 2014)Năm 2017, Fazhan và cộng sự đã thực hành lai giữa các loài cua biển khác nhau trong điều kiện nuôi nhốt khép kín và đo lường tỉ lệ sinh sản thành công với sự khác biệt có ý nghĩa thống kê giữa các tổ hợp được ghép đôi. Nghiên cứu đã cho thấy sự sự khả thi trong việc lai giống cua biển trong công tác tạo giống trong tương lai kể cả đối với các loài có quan hệ xa. Tuy nhiên, đáng tiếc nghiên cứu lại không đề cập đến đặc tính của thế hệ F1 giữa các cặp lai (Fazhan et al., 2017).
Ngoài việc tăng cường ưu thế lai thông qua các chương trình lai giống dựa trên bố mẹ được chọn từ các dòng thuần hoặc cái quần thể khác biệt di truyền, gần đây các phương pháp chọn tạo giống sử dụng các công cụ di truyền hiện đại đã được áp dụng để chọn lọc trực tiếp các cá thể bố mẹ phù hợp thông qua giám định chính xác di truyền. Chiến lược này có thể đẩy nhanh quá trình tạo giống vì có thể tiết kiệm thời gian do bỏ qua giai đoạn tạo dòng thuần.
Cùng với sự phát triển của các kỹ thuật giải trình tự thế hệ mới (NGS), khối lượng dữ liệu sinh học liên quan đến cua biển được tạo ra vào công bố ngày càng nhiều. Gần đây, Ming Zhao và cộng sự đã công bố dữ liệu toàn bộ gen của cua xanh qua đó cung cấp thông tin chi tiết hỗ trợ các nghiên cứu liên quan đến di truyền của loài này (Zhao et al., 2021). Nắm bắt cơ hội này, Thông và cộng sự đã thực hiện một phân tích sử dụng dữ liệu trình tự được công bố tại CSDL thuộc Trung tâm Thông tin Công nghệ Sinh học Quốc gia (NCBI), nhằm tìm kiếm các chỉ thị STR tiềm năng ứng dụng trong bảo tồn nhân giống S. paramamosain nhờ sự hỗ trợ phân tử trong tương lai (Le and Le, 2022). Nghiên cứu này thực hiện trên tập dữ liệu gồm 332 dữ liệu trình tự (NGS) đề xuất 14 chỉ thị STR tiềm năng có độ đa hình cao liên quan đến các tính trạng tăng trưởng, chống chịu, kháng bệnh trên cua. Một số các chỉ thị trong nghiên cứu này cũng đã được xác nhận trên quần thể độc lập thu thập tại Cà Mau thực hiện bởi Long và cộng sự (Ho and Le, 2023). Dữ liệu 2 từ nghiên cứu này có thể góp phần cung cấp thông tin về biến dị di truyền, cấu trúc quần thể, bảo tồn sử dụng di truyền phân tử trong tương lai.
IV. KẾT LUẬN
Hiện nay, các nghiên cứu trên cua biển Scylla Spp. hiện tại vẫn tập trung nhiều vào sử dụng các công cụ di truyền như giải trình tự COI và phân tích STR tập trung nhiều cho việc điều tra đa dạng di truyền cũng như xác định loài, giống cua mới (Fazhan et al., 2020; H et al., 2012; Rumisha et al., 2017; Segura-García et al., 2018) mà vẫn chưa có sự tập trung vào ứng dụng chọn tạo giống có sử dụng các kết quả điều tra di truyền để tăng cường tiềm năng ưu thế lai. Nhìn chung các nghiên cứu hiện tại trên thế giới về cua biển còn ít và rải rác ở một số ít các quốc gia có nghề khai thác và nuôi cua không chỉ thể hiện qua số công trình nghiên cứu liên quan mà còn số lượng chỉ thị phân tử được sử dụng. Tuy nhiên sự vượt trội về số lượng nghiên cứu về cua biển từ các tác giả Trung Quốc, thể hiện sự quan tâm cũng như tiềm lực đầu tư của quốc gia này đối với ngành này (Cui et al., 2021; Fazhan et al., 2020; Ma et al., 2014; Yang et al., 2019).
Tuy chưa được áp dụng tại Việt Nam trước đây, việc sử dụng các kỹ thuật tiên tiến của di truyền học là vô cùng quan trọng để đánh giá tiềm năng đa dạng di truyền một cách trực tiếp và chính xác trên các quần thể cua từ đó xây dựng chiến lược, phương pháp bảo tồn và phát triển giống phù hợp.
Việc phát hiện cua sen - S. tranquebarica trong nghiên cứu của nhóm tác giả cho thấy sự đa dạng trong quần thể cua biển tại Việt Nam. Phát hiện này cho thấy các nghiên cứu chuyên sâu trên quần thể cua lớn hơn cần được thực hiện để có cái nhìn chi tiết hơn về hệ sinh thái cua biển tại Việt Nam. Bên cạnh phân tích các trình tự đích (bao gồm COI, D-Loop, 16S rRNA), việc ứng dụng các kỹ thuật giải trình tự thế hệ mới (NGS). giải trình tự đoạn dài (Oxford Nanopore Technology - ONT) trong phân tích toàn bộ gen ty thể (mtDNA) mang lại tiềm năng lớn trong nghiên cứu di truyền quần thể trên quy mô lớn.
Việc sử dụng nhiều chỉ thị phân tử cả trong nhân và ngoài nhân kết hợp với các dữ liệu tính trạng cung cấp sự hiểu biết chi tiết trong định hướng phát triển các chương trình nghiên cứu, bảo tồn nguồn gen cua biển tại Việt Nam cũng như hỗ trợ các chương trình lai tạo tăng sản lượng cua thương phẩm.
Cuối cùng, sự hợp tác đa ngành giữa các nhóm nghiên cứu, cơ quan quản lý nguồn lợi thủy sản, các trung tâm bảo tồn gen, và cả người nông dân là vô cùng quan trọng trong định hướng bảo vệ và phát triển bền vững nguồn gen cua biển Cà Mau nói riêng và tại Việt Nam nói chung.
Ts. Lê Minh Thông - Khoa Công nghệ Sinh học, Trường Đại học Quốc Tế Đại học Quốc Gia, Thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam
Tài liệu tham khảo
Do yêu cầu của công tác biên tập, một số TLTK đã được lược bớt, TLTK đầy đủ của bài viết liên hệ tác giả)
Alberts-Hubatsch, H., Lee, S.Y., Meynecke, J.-O., Diele, K., Nordhaus, I., Wolff, M., 2016. Life-history, movement, and habitat use of Scylla serrata (Decapoda, Portunidae): current knowledge and future challenges. Hydrobiologia 763, 5-21. https://doi.org/10.1007/s10750-015-2393-z
Anas, M.U.M., Edirisinghe, E., Jayasinghe, J., 2010. Lipid composition and fatty acid profiles of wild caught and fattened mud crab, Scylla serrata , in Sri Lanka. Sri Lanka J. Aquat. Sci. 14. https://doi.org/10.4038/sljas.v14i0.2201
Barnes, D.K.A., Dulvy, N.K., Priestley, S.H., Darwall, W.R.T., Choisel, V., Whittington, M., 2002. Fishery characteristics and abundance estimates of the mangrove crab Scylla serrata in southern Tanzania and northern Moçambique. Afr. J. Mar. Sci. 24, 19-25.
Bernatchez, L., Landry, C., 2003. MHC studies in nonmodel vertebrates: what have we learned about natural selection in 15 years? J. Evol. Biol. 16, 363-377. https://doi.org/10.1046/j.1420-9101.2003.00531.x
Bonine, K.M., Bjorkstedt, E.P., Ewel, K.C., Palik, M., 2008. Population Characteristics of the Mangrove Crab Scylla serrata (Decapoda: Portunidae) in Kosrae, Federated States of Micronesia: Effects of Harvest and Implications for Management1. Pac. Sci. 62, 1-19. https://doi.org/10.2984/1534-6188(2008)62[1:PCOTMC]2.0.CO;2
Bunning, H., Wall, E., Chagunda, M.G.G., Banos, G., Simm, G., 2019. Heterosis in cattle crossbreeding schemes in tropical regions: meta-analysis of effects of breed combination, trait type, and climate on level of heterosis1. J. Anim. Sci. 97, 29-34. https://doi.org/10.1093/jas/sky406
Butcher, P.A., A. J. Boulton, S. D. A. Smith, 2003. Mud crab (Scylla serrata: Portunidae) populations as indicators of the effectiveness of estuarine marine protected areas, in: World Congress on Aquatic Protected Areas Proceedings. Presented at the World Congress on Aquatic Protected Areas, pp. 421-427.
Cassady, J.P., Young, L.D., Leymaster, K.A., 2002. Heterosis and recombination effects on pig reproductive traits. J. Anim. Sci. 80, 2303-2315.
Charlesworth, D., 2003. Effects of inbreeding on the genetic diversity of populations. Philos. Trans. R. Soc. B Biol. Sci. 358, 1051-1070. https://doi.org/10.1098/rstb.2003.1296
Christensen, S.M., Macintosh, D.J., Phuong, N.T., 2004. Pond production of the mud crabs Scylla paramamosain (Estampador) and S. olivacea (Herbst) in the Mekong Delta, Vietnam, using two different supplementary diets. Aquac. Res. 35, 1013-1024. https://doi.org/10.1111/j.1365-2109.2004.01089.x
Croquet, C., Mayeres, P., Gillon, A., Vanderick, S., Gengler, N., 2006. Inbreeding depression for global and partial economic indexes, production, type, and functional traits. J. Dairy Sci. 89, 2257-2267. https://doi.org/10.3168/jds.S0022-0302(06)72297-4
Cui, W., Yang, Q., Zhang, Yin, Farhadi, A., Fang, H., Zheng, H., Li, S., Zhang, Yueling, Ikhwanuddin, M., Ma, H., 2021. Integrative Transcriptome Sequencing Reveals the Molecular Difference of Maturation Process of Ovary and Testis in Mud Crab Scylla paramamosain. Front. Mar. Sci. 8. https://doi.org/10.3389/fmars.2021.658091
Davis, J.A., Churchill, G.J., Hecht, T., Sorgeloos, P., 2004. Spawning characteristics of the South African mudcrab Scylla serrata (Forskål) in captivity. J. World Aquac. Soc. 35, 121-133.
Dorcus Onyango, S., 2002. The breeding cycle of Scylla serrata (Forskal, 1755) at Ramisi River estuary, Kenya. Wetl. Ecol. Manag. 10, 257-263. https://doi.org/10.1023/A:1020163327246
Du Plessis, A., 1971. A preliminary investigation into the morphological characteristics, feeding, growth, reproduction and larval rearing of Scylla serrata Forskal (Decapoda: Portunidae), held in captivity. Fisheries Development Corporation of South Africa (No. unpublished report.).
Eamsobhana, P., Yong, H.S., Song, S.L., Prasartvit, A., Boonyong, S., Tungtrongchitr, A., 2018. Cytochrome c oxidase subunit I haplotype reveals high genetic diversity of Angiostrongylus malaysiensis (Nematoda: Angiostrongylidae). J. Helminthol. 92, 254-259. https://doi.org/10.1017/S0022149X17000244
Ewel, K.C., 2008. Mangrove crab (Scylla serrata) populations may sometimes be best managed locally. J. Sea Res. 59, 114-120.
Fang, W.H., Hu, L.L., Yang, X.L., Hu, K., Liang, S.C., Zhou, S., 2008. Effect of temperature on pharmacokinetics of enrofloxacin in mud crab, Scylla serrata (Forsskål), following oral administration. J. Fish Dis. 31, 171-176. https://doi.org/10.1111/j.1365-2761.2007.00884.x
Fazhan, H., Waiho, K., Norfaizza, W., Megat, F., Ikhwanuddin, M., 2017. Inter-species mating among mud crab genus Scylla in captivity. Aquaculture 471, 49-54. https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2017.01.005
Fazhan, H., Waiho, K., Quinitio, E., Baylon, J.C., Fujaya, Y., Rukminasari, N., Azri, M.F.D., Shahreza, M.S., Ma, H., Ikhwanuddin, M., 2020. Morphological descriptions and morphometric discriminant function analysis reveal an additional four groups of Scylla spp. PeerJ 8, e8066. https://doi.org/10.7717/peerj.8066
Fratini, S., Vannini, M., 2002. Genetic differentiation in the mud crab Scylla serrata (Decapoda: Portunidae) within the Indian Ocean. J. Exp. Mar. Biol. Ecol. 272, 103-116. https://doi.org/10.1016/S0022-0981(02)00052-7
Gao, B.Q., Liu, P., Li, J., Wang, Q.Y., Li, X.P., 2014. Genetic diversity of different populations and improved growth in the F1 hybrids in the swimming crab (Portunus trituberculatus). Genet. Mol. Res. GMR 13, 10454-10463. https://doi.org/10.4238/2014.December.12.7
Gopurenko, D., Hughes, J.M., Keenan, C.P., 1999. Mitochondrial DNA evidence for rapid colonisation of the Indo-West Pacific by the mudcrab Scylla serrata. Mar. Biol. 134, 227-233. https://doi.org/10.1007/s002270050541
Gun, G., Sulaeman, S., Herlinah, H., 2020. The mating success and hybridization of Mud crab, Scylla spp. in controlled tanks.
H, M., H, C., C, M., L, M., 2012. High genetic diversity and low differentiation in mud crab (Scylla paramamosain) along the southeastern coast of China revealed by microsatellite markers. J. Exp. Biol. 215. https://doi.org/10.1242/jeb.071654
Havrlentová, M., Ondreičková, K., Hozlár, P., Gregusová, V., Mihálik, D., Kraic, J., 2021. Formation of Potential Heterotic Groups of Oat Using Variation at Microsatellite Loci. Plants 10, 2462. https://doi.org/10.3390/plants10112462
Hebert, P.D.N., Ratnasingham, S., deWaard, J.R., 2003. Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proc. R. Soc. B Biol. Sci. 270, S96-S99. https://doi.org/10.1098/rsbl.2003.0025
Herrera, A., Garcia, I., Gaytan, N., Jones, E., Maldonado, A., Gilkerson, R., 2015. Endangered species: mitochondrial DNA loss as a mechanism of human disease. Front. Biosci. Sch. Ed. 7, 109-124.
Hill, B.J., 1979. Biology of the Crab Scylla serrata (forskal) in the St Lucia System. Trans. R. Soc. South Afr. 44, 55-62. https://doi.org/10.1080/00359197909520079
Hill, B.J., 1975. Abundance, breeding and growth of the crab Scylla serrata in two South African estuaries. Mar. Biol. 32, 119-126. https://doi.org/10.1007/BF00388505
Ho, H.L., Le, M.T., 2023. Initial investigation of the genetic diversity in mud crab (Scylla paramamosain) collected from Ca Mau Province and validation of novel trait-related SSR markers (Undergraduate Thesis). INTERNATIONAL UNIVERSITY, VIETNAM NATIONAL UNIVERSITY - HO CHI MINH CITY, HCMC, Vietnam.
Ikhwanuddin, M., Azmie, G., Juariah, H.M., Zakaria, M.Z., Ambak, M.A., 2011. Biological information and population features of mud crab, genus Scylla from mangrove areas of Sarawak, Malaysia. Fish. Res. 2-3, 299-306. https://doi.org/10.1016/j.fishres.2011.01.001
Iversen, M.W., Nordbø, Ø., Gjerlaug-Enger, E., Grindflek, E., Lopes, M.S., Meuwissen, T., 2019. Effects of heterozygosity on performance of purebred and crossbred pigs. Genet. Sel. Evol. 51, 8. https://doi.org/10.1186/s12711-019-0450-1
Juliette, G., 2010. Development of the mud crab sector in the Philippines-constraints and prospects. Aquaculture 91, 223-231.
Kaeppler, S., 2012. Heterosis: Many Genes, Many Mechanisms—End the Search for an Undiscovered Unifying Theory. ISRN Bot. 2012. https://doi.org/10.5402/2012/682824
Kasarda, R., Kadlečík, O., 2007. An economic impact of inbreeding in the purebred population of Pinzgau cattle in Slovakia on milk production traits. Czech J. Anim. Sci. 52. https://doi.org/10.17221/2330-CJAS
Keenan, C., Davie, P.J., Mann, D.L., 1998. A revision of the genus Scylla de Haan, 1833 (Crustacea: Decapoda: Brachyura: portunidae). Raffles Bull. Zool. 46, 217-245.
Keenan, C.P., Blackshaw, A., 1999. Mud Crab Aquaculture and Biology: Proceedings of an International Scientific Forum Held in Darwin, Australia, 21-24 April 1997. Australian Centre for International Agricultural Research.
Kincaid, H.L., 1983. Inbreeding in fish populations used for aquaculture. Aquaculture, Genetics in Aquaculture 33, 215-227. https://doi.org/10.1016/0044-8486(83)90402-7
Klinbunga, S., Boonyapakdee, A., Pratoomchat, B., 2000. Genetic diversity and species-diagnostic markers of mud crabs (Genus Scylla) in Eastern Thailand determined by RAPD analysis. Mar. Biotechnol. 2, 180-187.
Koolkalya, S., Thapanand, T., Tunkijjanujij, S., Havanont, V., Jutagate, T., 2006. Aspects in spawning biology and migration of the mud crab Scylla olivacea in the Andaman Sea, Thailand. Fish. Manag. Ecol. 13, 391-397. https://doi.org/10.1111/j.1365-2400.2006.00518.x
Kosuge, T., 2001. Brief Assessment of Stock of Mud Crabs Scylla spp. in Matang Mangrove Forest, Malaysia and Proposal for Resources Management. Jpn. Agric. Res. Q. 35, 145-148. https://doi.org/10.6090/jarq.35.145
Le, N.T., Le, M.T., 2022. Analysis of novel polymorphic microsatellite markers in supporting of protection and sustainable development of green mud crab population (Scylla paramosain Estampador). Presented at the 5th Rencontres de Quy Nhon: International Biology Conference, Quy Nhon, Vietnam, p. 263.
Le Reste, L., Feno, L., Rameloson, A., 1976. État de nos connaissances sur le crabe de vase Scylla serrata Forskal à Madagascar.
Le Vay, L., Ngoc Ut, V., Jones, D.A., 2001. Seasonal abundance and recruitment in an estuarine population of mud crabs, Scylla paramamosain, in the Mekong Delta, Vietnam. Hydrobiologia 449, 231-239. https://doi.org/10.1023/A:1017511002066
Lebata, M.J.H.L., Le Vay, L., Primavera, J., Walton, M.E., Biñas, J.B., 2007. Baseline assessment of fisheries for three species of mud crabs (Scylla spp.) in the mangroves of Ibajay, Aklan, Philippines. Bull. Mar. Sci. 80, 891-904.
Leroy, G., 2011. Genetic diversity, inbreeding and breeding practices in dogs: results from pedigree analyses. Vet. J. Lond. Engl. 1997 189, 177-182. https://doi.org/10.1016/j.tvjl.2011.06.016
Lin, Q., Li, S.J., Li, Z., Wang, G., 2007. Species composition in genus Scylla from the coast of southeast China. J. Fish. China 31, 211-219.
Lindner, B., 2005. Impacts of mud crab hatchery technology in Vietnam | ACIAR [WWW Document]. URL https://www.aciar.gov.au/publication/technical-publications/impacts-mud-crab-hatchery-technology-vietnam (accessed 6.21.24).
Lynch, M., Conery, J., Burger, R., 1995. Mutation Accumulation and the Extinction of Small Populations. Am. Nat. 146, 489-518.
Ma, H., Ma, C., Li, S., Jiang, W., Li, X., Liu, Y., Ma, L., 2014. Transcriptome Analysis of the Mud Crab (Scylla paramamosain) by 454 Deep Sequencing: Assembly, Annotation, and Marker Discovery. PLOS ONE 9, e102668. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0102668
Ma, H.Y., Li, S.J., Feng, N.N., Ma, C.Y., Wang, W., Chen, W., Ma, L.B., 2016. First genetic linkage map for the mud crab (Scylla paramamosain) constructed using microsatellite and AFLP markers. Genet. Mol. Res. 15. https://doi.org/10.4238/gmr.15026929
Macintosh, D., Overton, J., Thu, H.V.T., 2002. Confirmation of two common mud crab species (genus Scylla) in the mangrove ecosystem of the Mekong Delta, Vietnam. J. Shellfish Res. 21, 259-265.
Macnae, W., 1969. A General Account of the Fauna and Flora of Mangrove Swamps and Forests in the Indo-West-Pacific Region 6, 73-270. https://doi.org/10.1016/S0065-2881(08)60438-1
Mirera, D.O., Mtile, A., 2009. A preliminary study on the response of mangrove mud crab (Scylla serrata) to different feed types under drive-in cage culture system. J. Ecol. Nat. Environ. 1, 7-14.
Mohanty, S.K., Mohapatra, A., Mohanty, R.K., Bhatta, K.S., Pattnaik, A.K., 2006. Occurrence and biological outlines of two species of Scylla (De Haan) in Chilika lagoon, India. Indian J. Fish. 53, 191-202.
Ogawa, C.Y., Hamasaki, K., Dan, S., Kitada, S., 2011. Fishery biology of mud crabs Scylla spp. at Iriomote Island, Japan: species composition, catch, growth and size at sexual maturity. Fish. Sci. 77, 915-927. https://doi.org/10.1007/s12562-011-0408-x
Osborne, A.J., Negro, S.S., Chilvers, B.L., Robertson, B.C., Kennedy, M.A., Gemmell, N.J., 2016. Genetic Evidence of a Population Bottleneck and Inbreeding in the Endangered New Zealand Sea Lion, Phocarctos hookeri. J. Hered. 107, 392-402. https://doi.org/10.1093/jhered/esw015
Overton, J., 2000. Morphometric, genetic and reproductive characteristics of mud crabs (genus Scylla de haan, 1833) from Southeast Asia. University of Stirling, UK.
Parra-Bracamonte, G.M., Sifuentes-Rincón, A.M., Rosa-Reyna, X.F.D. la, Arellano-Vera, W., Sosa-Reyes, B., 2011. Inbreeding evidence in a traditional channel catfish (Ictalurus punctatus) hatchery in Mexico. Electron. J. Biotechnol. 14, 11-11.
Paula, J., Dray, T., Queiroga, H., 2001. Interaction of offshore and inshore processes controlling settlement of brachyuran megalopae in Saco mangrove creek, Inhaca Island (South Mozambique). Mar. Ecol. Prog. Ser. 215, 251-260. https://doi.org/10.3354/meps215251
Petersen, E.H., Phuong, T.H., Van Dung, N., Giang, P.T., Dat, N.K., Tuan, V.A., Nghi, T.V., Glencross, B.D., 2013. Bioeconomics of mud crab, Scylla paramamosain, culture in Vietnam. Rev. Aquac. 5, 1-9. https://doi.org/10.1111/j.1753-5131.2012.01073.x
Quinitio, E.T., 2009. Seed production and grow-out of mud crab (Scylla paramamosain) in Vietnam. Aquaculture Department, Southeast Asian Fisheries Development Center.
Robertson, W.D., Kruger, A., 1994. Size at maturity, mating and spawning in the portunid crab Scylla serrata (Forskål) in Natal, South Africa. Estuar. Coast. Shelf Sci. 39, 185-200.
Rumisha, C., Huyghe, F., Rapanoel, D., Mascaux, N., Kochzius, M., 2017. Genetic diversity and connectivity in the East African giant mud crab Scylla serrata: Implications for fisheries management. PLOS ONE 12, e0186817. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0186817
Ruscoe, I.M., Shelley, C.C., Williams, G.R., 2004. The combined effects of temperature and salinity on growth and survival of juvenile mud crabs (Scylla serrata Forskål). Aquaculture 238, 239-247.
Saifullah, S., 2005. Utilization of mangrove resources in Pakistan (pp. 147-158).
Segura-García, I., Tun, T.Y., Box, S.J., 2018. Genetic characterization of the artisanal mud crab fishery in Myanmar. PLOS ONE 13, e0204905. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0204905
Seri Masran, S.N.A., Ab Majid, A.H., 2017. Genetic Diversity and Phylogenetic Relationships of Cytochrome C Oxidase Subunit I in Cimex hemipterus (Hemiptera: Cimicidae) Populations in Malaysia. J. Med. Entomol. 54, 974-979. https://doi.org/10.1093/jme/tjw227
Shelley, C.C., Lovatelli, A., 2011. Mud Crab Aquaculture: A Practical Manual. Food and Agriculture Organization of the United Nations.
Simões, N., Apel, M., Jones, D.A., 2001. Intertidal habitats and decapod faunal assemblages (Crustacea: Decapoda) of Socotra Island, Republic of Yemen. Hydrobiologia 449, 81-97. https://doi.org/10.1023/A:1017541019388
Sørensen, M.K., Norberg, E., Pedersen, J., Christensen, L.G., 2008. Invited review: crossbreeding in dairy cattle: a Danish perspective. J. Dairy Sci. 91, 4116-4128. https://doi.org/10.3168/jds.2008-1273
Srinivasagam, S., Kathirvel, M., Kulasekarapandian, S., 2000. Captive broodstock development, induced breeding and larval stages of mud crabs (scylla spp.). Central Institute of Brackishwater Aquaculture.
Sugama, K., Hutapea, J.H., 1999. Genetic characterisation in the mud crab Scylla (Brachyura: Portunidae), in: ACIAR PROCEEDINGS. AUSTRALIAN CENTRE FOR INTERNATIONAL AGRICULTURAL, pp. 43-47.
Taylor, M.L., 1984. New species of mud crab found in Western Australia. Fins 17, 15-18.
Thresher, R.E., Werner, M., Høeg, J.T., Svane, I., Glenner, H., Murphy, N.E., Wittwer, C., 2000. Developing the options for managing marine pests: specificity trials on the parasitic castrator, Sacculina carcini, against the European crab, Carcinus maenas, and related species. J. Exp. Mar. Biol. Ecol. 254, 37-51. https://doi.org/10.1016/s0022-0981(00)00260-4annini, M., Innocenti, G., 2000. Research on the coast of Somalia. Portunidae (Crustacea Brachyura). Trop. Zool. 13, 251-298. https://doi.org/10.1080/03946975.2000.10531136
Vega-Trejo, R., Head, M.L., Jennions, M.D., 2015. Evidence for inbreeding depression in a species with limited opportunity for maternal effects. Ecol. Evol. 5, 1398-1404. https://doi.org/10.1002/ece3.1445
Vu, N.T., Ha, T.T.T., Thuy, V.T.B., Trang, V.T., Nguyen, N.H., 2020. Population Genomic Analyses of Wild and Farmed Striped Catfish Pangasianodon Hypophthalmus in the Lower Mekong River. J. Mar. Sci. Eng. 8, 471. https://doi.org/10.3390/jmse8060471
Walton, M.E., Le Vay, L., Lebata, J.H., Binas, J., Primavera, J., 2006. Seasonal abundance, distribution and recruitment of mud crabs (Scylla spp.) in replanted mangroves. Estuar. Coast. Shelf Sci. 66, 493-500. https://doi.org/10.1016/j.ecss.2005.09.015
Wang, W., Ma, C., Chen, W., Jin, Z., Zhao, M., Zhang, F., Liu, Z., Ma, L., 2020. Population genetic diversity of mud crab (Scylla paramamosain) from southeast coastal regions of China based on mitochondrial COI gene sequence. Gene 751, 144763. https://doi.org/10.1016/j.gene.2020.144763
Williams, M.J., Hill, B.J., 1982. Factors influencing pot catches and population estimates of the portunid crab Scylla serrata. Mar. Biol. 71, 187-192. https://doi.org/10.1007/BF00394628
Yang, Y., Hu, M.J., Jin, T.C., Zhang, Y.X., Liu, G.Y., Li, Y.B., Zhang, M.L., Cao, M.J., Su, W.J., Liu, G.M., 2019. A comprehensive analysis of the allergenicity and IgE epitopes of myosinogen allergens in Scylla paramamosain. Clin. Exp. Allergy J. Br. Soc. Allergy Clin. Immunol. 49, 108-119. https://doi.org/10.1111/cea.13266
yxtung, 2020. Major Mud Crab Producing Countries | Business Insights [WWW Document]. RAS Aquac. URL https://www.ras-aquaculture.com/post/major-mud-crab-producing-countries-business-insights (accessed 6.22.24).
Zafar, M., Amin, S.N., Rahman, M.M., 2006. Population dynamics of mud crab (Scylla serrata) in the southeastern coastal region of Bangladesh. Asian Fish. Sci. 19, 43.
Zhao, M., Wang, W., Zhang, F., Ma, C., Liu, Z., Yang, M.-H., Chen, W., Li, Q., Cui, M., Jiang, K., Feng, C., Li, J.T., Ma, L., 2021. A chromosome-level genome of the mud crab (Scylla paramamosain estampador) provides insights into the evolution of chemical and light perception in this crustacean. Mol. Ecol. Resour. 21, 1299-1317. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13332
Zhao, Y., Gentekaki, E., Yi, Z., Lin, X., 2013. Genetic Differentiation of the Mitochondrial Cytochrome Oxidase c Subunit I Gene in Genus Paramecium (Protista, Ciliophora). PLOS ONE 8, e77044. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0077044